Una vez que la Dirección de Orientación y Recepción de Quejas de este Organismo, con fundamento en el Artículo 45 del Reglamento Interno de la C.E.D.H., haya registrado una queja presuntamente violatoria a derechos humanos y después de desahogar en su caso las primeras diligencias tendientes a esclarecer los hechos motivo de la misma, será turnada de inmediato a cualquiera de las 3 Visitadurías Generales con las que cuenta esta Comisión y recibida la queja por parte de la Visitaduría, procederá a calificarla y luego dependiendo de su calificación, se empezará a integrar el expediente, solicitándose por ejemplo, un informe documentado sobre los actos, omisiones o resoluciones que se atribuyen a la autoridad o servidor publico señalado como presuntamente responsable, (Artículo 34 de la Ley y 64 del Reglamento Interno). En si tramitación de un expediente varía en cada caso concreto, pero lo que se busca es encontrar la verdad y para ello, cada Vistaduría General tiene la responsabilidad de integrar el expediente de queja y solicitará a las autoridades la información necesaria, así como al quejoso las aclaraciones y precisiones que correspondan. Se hará llegar las pruebas conducentes y practicará las indispensables hasta contar con las evidencias adecuadas para resolver queja. Una vez que se cuente con las evidencias necesarias, propondrá al Presidente la fórmula de conclusión que estime pertinente. (Artículo 63 del Reglamento Interno de la C.E.D.H).

Una vez integrado el expediente de queja, éste podrá ser concluido por las siguientes causas, (Artículo 84 del Reglamento Interno de la C.E.D.H).